Charlotta Garrigue wird in Brooklyn in New York 1850 als Tochter einer Amerikanerin und eines in Dänemark geborenen Emigranten mit hugenottischen Wurzeln geboren. Sie ist das dritte von elf Kindern. Als sie elf Jahre alt ist, bricht der amerikanische Bürgerkrieg aus. Dies führt dazu, dass sie sich später gegen jegliche Form von Diskriminierung ausspricht. Aufgrund ihres musikalischen Talents kommt sie 1874 nach Leipzig, um am Konservatorium zu studieren. Doch eine Lähmung ihrer Hand bringt ihre musikalische Karriere zu einem jähen Ende. Sie lernt in Leipzig den jungen Doktoranden und späteren Staatspräsidenten der Tschechoslowakei Tomaš Masaryk kennen und heiratet ihn. Außergewöhnlich für die Zeit nimmt auch er den Namen seiner Frau an, so heißen beide Garrigue Masaryk. Aus der Ehe gehen vier Kinder hervor. Das Paar zieht nach Wien, wo Tomaš an der Universität Wien und in einem Gymnasium unterrichtet. Die finanzielle Situation der jungen Familie ist prekär und wird erst besser, als Tomaš 1882 einen Ruf an die Prager Universität als Professor erhält.

In Prag lernt Charlotte schnell Tschechisch und beginnt Artikel für Zeitschriften über tschechische Literatur, Geschichte und Musik zu verfassen. Sie bringt 1890 eine Übersetzung von John Stuart Mills „The Subjection of Women“ ins Tschechische heraus. Dieser Text beeinflusst die Mitglieder des Ženský klub český, zu denen auch Charlotte Masaryk gehört. 1905 wird sie Mitglied der Tschechoslowakischen Sozialdemokratischen Partei (Ceskoslovanská socialné-demokratická strana). Zusammen mit Karla Máchová organisiert sie eine Vortragsreihe für Frauen im Sozialismus. Weiters ist sie eine der Gründerinnen von Spolek žen a dívek zaměstnaných při domácké výrobé a práci, mit Karla Máchová zusammen wird sie zur zweiten Herausgeberin der Frauenzeitschrift „Ženský list“ und sie ist aktiv im Komitee für Frauenwahlrecht, Výbor pro volební právo žen.

Sie nimmt Anteil am politischen Leben ihres Mannes. Nedvědová bezeichnet sie als seine Ratgeberin. Damit nimmt sie in der damals aktuellen Frauenfrage Einfluss auf die politischen Diskussionen im Vorfeld der Unabhängigkeit der Tschechoslowakei. 1914 geht er ins politische Exil nach London. Sie selber und ihre Familie werden im Ersten Weltkrieg zur Zielscheibe von Repressionen. Charlotte Garrigue Masaryk setzen diese Verfolgungen und Inhaftierungen ihrer Familie zunehmend zu. Im Jahr 1918 wird die Tschechoslowakei ein unabhängiger Staat und ihr Mann erster Präsident. Er setzt sich sofort für die Einführung des Frauenwahlrechts und das Verbot von Diskriminierung aufgrund von Geschlecht, Geburt und Beruf ein. Charlotte Garrigue Masaryk zieht sich immer mehr zurück, ist krank und stirbt 1923. Ihre Tochter Alice übernimmt die Aufgaben einer Präsidentengattin.