Johanna Deutsch kam in jungen Jahren aus Mähren als Bürokraft nach Wien. 1914 heiratete sie den Sozialdemokraten Max Wagner. Eine Tochter ging aus dieser Ehe hervor.

Beruflich gelang ihr ein erstaunlicher Aufstieg: von der Bürokraft zur Prokuristin und zuletzt Direktorin der Dénes & Friedmann AG in Wien, eines großen Unternehmens. Trotz dieser für Frauen in der Ersten Republik sehr ungewöhnlichen Karriere blieb sie Gewerkschaftsfunktionärin und der Sozialdemokratie verbunden.

Johanna Wagner war über mehrere Jahrzehnte Funktionärin des Zentralvereins der kaufmännischen Angestellten Österreichs (heute: Gewerkschaft gpa) und dort Vertreterin der weiblichen Mitglieder. In dieser Funktion wurde sie auch in die Frauensektion des Bundes der Freien Gewerkschaften gewählt. Sie war eine vielgefragte Rednerin zu den Themen Erwerbsarbeit und Berufsausbildung von Frauen. Für das „Handbuch der Frauenarbeit in Österreich", das 1930 von Käthe Leichter herausgeben wurde, verfasste sie das Kapitel „Der Schutz der weiblichen Angestellten“.

Auch war sie an der Gründung und Einrichtung der Gebärklinik Gersthof (später: Frauenheilanstalt Gersthof) beteiligt. Diese wurde zwischen 1924 und 1926 als Entbindungsanstalt der Angestellten der Wiener Kaufmannschaft erbaut, in deren Vorstand Johanna Wagner über viele Jahre tätig war.