Das Mädchengymnasium Minerva wurde als Privatschule für Mädchen (Střední soukromá škola dívčí) in Prag am 16. September 1890 mit 51 Schülerinnen eröffnet und war das erste Mädchengymnasium Österreich-Ungarns. Zwar wurden die Schülerinnen auf die Reifeprüfung und das Studium vorbereitet, doch konnten diese bis 1907 die Matura nicht an der Schule selbst, sondern nur am benachbarten Knabengymnasium ablegen.

Sieben Jahre nach der Gründung des Gymnasiums wurden die Universitäten auch für Frauen geöffnet. Die Jahre 1897 und 1900 waren Meilensteine, da weibliche Studierende zuerst an der philosophischen und dann an der medizinischen Fakultät zugelassen wurden. Erste Minerva-Absolventinnen, die an der Prager Karls-Universität ein Universitätsstudium abschlossen, waren 1901 die Botanikerin Marie Zdeňka Baborová und 1902 die Ärztin Anna Honzáková.

Da die höheren Mädchenschulen lange keine staatlichen Budgetmittel erhielten, waren es vor allem Frauenvereine, wie der Stiftungsverein Minerva, die die privaten Mädchenschulen erhielten. Eliška Krásnohorská war maßgeblich an der Eröffnung der Schule beteiligt. Erst in späteren Jahren unterstützte die Prager Stadtverwaltung und das Land das Mädchengymnasium finanziell.

In den ersten Schuljahren war das Mädchengymnasium in die Bürgerschule in der Pštrossova Straße in Prag eingemietet. Der Unterricht fand in zwei Räumen statt. Obwohl die Zahl der Schülerinnen stetig anstieg, verfügte die Schule viele Jahre über kein eigenes Schulgebäude und war auch noch nach dem Ersten Weltkrieg an mehreren Standorten untergebracht. Bis 1922/23 war die Zahl der Schülerinnen auf rund 900 angestiegen, die in 24 Klassen unterrichtet wurden. Erst 1934 erhielt das Gymnasium ein eigenes Gebäude in der Lazarská-Straße.