Marie Pappenheim, aus liberalem Elternhaus, studiert als eine der ersten Frauen in Wien Medizin. Seit 1897 waren Frauen zum Medizinstudium zugelassen. Sie promoviert 1909. Danach macht sie eine Facharztausbildung zur Dermatologin am Wiener Allgemeinen Krankenhaus. Gleichzeitigt veröffentlicht sie Gedichte und Prosa in verschiedenen Zeitschriften, u.a. in der "Fackel". Für Arnold Schönberg verfasst sie das Libretto "Erwartung". Sie heiratet den Jugendpsychiater Hermann Frischauf.

Geprägt durch den Ersten Weltkrieg und die russische Oktoberrevolution setzt sie sich zunehmend mit der marxistischen Ideologie auseinander - der sie Zeit ihres Lebens verbunden bleibt. 1919 tritt Pappenheim der Kommunistischen Partei Österreichs bei. Sie arbeitet in etlichen Hilfsorganisationen für die ArbeiterInnenschaft. 1930 übernimmt sie die Leitung des Verlages der Kommunistischen Jugendinternationale in Österreich. 1934 kommt es zur Konfiszierung des Verlages und bald darauf migriert sie nach Paris.

Die Legalisierung der Abtreibung und sexuelle Aufklärungsarbeit in der ArbeiterInnenschaft sind zentrale Anliegen von Pappenheim. 1926 gründete sie gemeinsam mit Wilhelm Reich die "Sozialistische Gesellschaft für Sexualberatung und Sexualforschung" mit sechs kostenlosen Beratungsstellen in Wien.

1940 gelingt ihr von Paris die Flucht nach Mexiko. Nach dem Zweiten Weltkrieg kehrt sie nach Wien zurück, arbeitet als Fachärztin und schreibt journalistische Beiträge u.a. für die "Stimme der Frau".